Neo Genesis fue el primer set de la segunda generación. Com tal trajo muchos aspectos a la mesa, como los Pokémon bebé, y los Pokémon de nuevos tipos: Oscuridad y Metálico. Estos eran excasos ya que las energías que usaban solo existian como especiales.
Además se ańadieron Herramientas Pokémon que, ańadidas a tus Pokémon pueden darle habilidades al juego. Esta colección salió en castellano, pero fue la última en mucho tiempo.